1、注册日本现地法人公司：在日本设立新公司或子公司的形式开展企业经营活动是*为常见的方式；设立的新公司或子公司是独立承担债权债务的，如果是分公司是与母公司分别计算纳税，且税后利润汇往母公司时应缴纳企业所得税。

2、注册总部驻日分公司：设置海外母公司在日本的分公司（分支机构）开展在日经营活动；在日本设立的分公司不具有法人资格，债权债务均归属于母公司。且其盈亏在总公司所在国可以和总公司合并计算纳税，分公司的税后利润汇往总公司不需要在日本缴纳所得税。

3、设置驻日代表机构：开设常驻代表机构（办事处）无需任何设立登记手续，但不可以开展经营活动，也不能以公司名义开设银行账户和租赁不动产，通常以机构代表人个人名义开设银行账户和租赁不动产。和中国的办事处相类似，常驻代表机构通常用于开展收集信息、宣传、联络等事务性而非经营性的活动。