企业境外投资备案的办理流程主要包括以下几个步骤：

准备材料：首先，企业需要准备一系列的申请材料，包括公司营业执照、公司章程、审计报告、尽职调查报告等。这些材料是证明企业资质和投资项目真实性的重要依据。

内部决策：企业在进行境外投资之前，需要进行内部决策，确定投资的具体方向和计划。

发改委申报：根据企业性质和投资金额的不同，企业需要向国家发展改革委员会或地方发展改革委员会提交项目申请，并报送项目信息。发改委会审核企业的资质及投资项目的真实性，并发放核准文件或备案通知书。

商务部审批：随后，企业需要向商务部门提交申请，商务部门会对企业的申请进行审核，一旦通过，会发放《企业境外投资证书》。该证书是企业在境外开展投资活动的必要凭证。

外汇管理局登记：最后，企业需要在银行完成外汇登记手续，并根据《境内机构境外直接投资外汇管理规定》进行资金出境的监管。如果投资金额在500万美金以上，还需要向外管部门汇报。

整个流程耗时将近2~3个月，办理成功后会得到两份分别由商务部和发改委颁发的证书：《企业境外投资证书》和《境外投资项目备案通知书》。

需要注意的是，如果涉及敏感行业或敏感国家和地区的投资，无论项目投资金额大小，一律提交商务部和发改委进行核准。同时，企业还需确保所提交的材料齐全、真实有效，否则可能会影响备案的进度和结果。