山东省境外投资备案申请是一个涉及多个步骤和材料的过程，具体流程如下：

准备资料：企业需收集和准备相关文件材料，如投资申请书、公司章程、投资决议、财务报表等。具体材料可能因投资项目情况而异，通常包括《境外投资备案表》、投资主体注册登记证明文件（如营业执照等）、追溯至最终实际控制人的投资主体股权架构图（若有要求）、最新经审计的投资主体财务报表、对外投资设立企业或并购相关章程（或合同、协议）、相关董事会决议或内部决议、前期工作落实情况说明（包括可研报告、投资资金来源情况的说明、投资环境分析评价等）以及境外投资真实性承诺书等。对于并购类对外投资，还需提交尽职调查报告和《境外并购事项前期报告表》等。

填写材料：根据相关部门要求填写境外投资备案申请表格，包括投资项目基本信息、投资方案等内容。

提交申请：将填写完整的申请表格及相关文件提交给山东省商务厅。部分地区可能还需同步提交纸质材料。

审核和审批：山东省商务厅将对企业提交的备案申请进行审核。审核内容包括投资项目的合法性、合规性和可行性等。如果申请材料不完整或不符合要求，商务厅可能会要求企业补充材料或进行修改。

备案登记：经审核通过后，企业将获得境外投资备案证明，并进行备案登记。

证书变更：证书载明事项发生变更时，如涉及境外企业增（减）资、投资主体变更、境内投资主体名称变更等情形，企业需按照相关规定准备相应材料并提交变更申请。

注销与再投资报告：企业终止已备案或核准的境外投资，应当在依投资目的地法律办理注销等手续后，向原核准或备案的商务部或省商务厅报告。同时，境外企业以其经营利润或境外自筹等资金开展境外再投资的，需在完成境外法律手续后一个月内填报相关信息并提交报告。

总的来说，企业在办理境外投资备案前，详细咨询当地相关部门，以确保申请顺利进行。