日本对企业法人实行属地税制，在日本从事经济活动的法人企业都要就其经济活动中所产生的利润在日本纳税。征税主体为国家及地方政府（都道府县及市町村），征税对象为日本法人企业的全球收入及外国企业来源于日本境内的收入，征税主体对各个征税对象拥有征税权。当征税对象包括境外所获利润时，为避免双重征税，制定了境外税额抵扣的规定，在一定范围内，可从日本的应缴税款中扣除境外已缴纳的税款。在日本开展业务的跨国公司，当其获得一定的应税收入时，通过办理源头课征（即代扣代缴）或申报缴纳的手续，计算和缴纳应征税额。为避免双重征税和逃税的发生，中国政府与日本政府于1984年签署了《中日租税条约》，1991年中国外资法改订后，双方政府又进行换文重新确认了某些变更条款。

日本针对企业和个人所得征收9种税，包括6种国税——法人税、复兴特别法人税、个人所得税、复兴特别法人税、继承税、赠与税；3种地方税——都道府县民税、事业税、市町村民税。针对流通交易征收4种税，包括两种国税——登记许可税、印花税；两种地方税——房地产购置税、汽车购置税。此外，日本还针对消费和财产的所有、转移等征收消费税、遗产税、赠与税等其他约19种税目。

税款的缴纳主要有以下几种方式：自行申报纳税方式（纳税义务人自行确定税额，提交纳税申报表）；赋税决定方式（征税主体确定税额后，发出税额的通知）；代扣代缴方式（代扣代缴义务人在支付应税所得时，代扣所得税）；已向商品征税，或在支付价格上另加税额）；其他。