1、提出申请： 申请人可以以英语、法语和德语这3种官方语言之一向欧洲专利局提出申请。提出申请后一个月左右，欧专局会发出通知。 
2、欧洲专利局检索： 在提交申请时必须提出检索请求及交纳检索费。自申请日起2年左右，收到欧洲专利局出具的检索报告，并附件一份对申请可专利性的初步审查意见书。 
3、公布专利申请： 欧洲专利将于自申请日起18个月公布专利申请。 
4、提出实质审查请求和实质审查： 申请人应在申请同时或在欧专局的检索报告公布日起 6个月内提出实质审查请求。在提出实质审查请求的同时，需从欧洲成员国中指定具体成员国，并交纳审查费和指定费。如果交纳7份指定费，欧洲专利条约的全部缔约国都可以被指定，但延伸国的指定费需要单独交纳。在提出实质审查后，该欧洲专利申请进入实审程序，并通常在提出实审后1－3年内收到欧专局的审查意见。 
5、欧洲专利授权: 当审查被通过后，欧洲专利局将发出授权通知复印件。申请人选择同意授权文本并允许本申请进入授权程序，或按自己的意志对文本或权利要求进行修改。同时付授权费并递交权利要求的其他两个语种的翻译译文。另外，需查询是否已经提交优先权证明文件的译文。上述工作完成后，欧洲专利被正式授权并发出授权证书。 
6、在欧洲成员国生效
一般在收到授权通知后，申请人就必须决定在指定国名单中选择生效国，通知欧洲专利局该专利在哪些国家生效。
在确定生效国后，根据各生效国的规定，一般都需要将此项欧洲专利的全部内容翻译成该国的语言，并提交给该生效国，以便此项欧洲专利在该国生效。一般欧洲成员国要求在授权公告起 3个月内完成翻译工作并在各国生效，公告后九个月内是异议期。因此，如果申请人需要在许多国家生效，则需要准备较多的费用。
完成在不同国家生效的工作后，申请人则拥有不同国家的专利，他们相互独立，每一项都需要每年交纳年费。