世界银行《2020年营商环境报告》显示，爱沙尼亚在全球190个经济体中，纳税指标排名第12位，每年平均缴税次数为8次，每年缴税平均耗时为50个小时，总税收和贡献率为47.8%（利润的百分比）。爱沙尼亚与一些国际组织和国家签署了60个避免双重征税和预防财政逃税的协定。1998年5月，中国与爱沙尼亚签署《中华人民共和国政府和爱沙尼亚共和国政府关于对所得避免双重征税和防止偷漏税的协定》，2014年12月又签署《关于修订<中华人民共和国政府和爱沙尼亚共和国政府关于对所得避免双重征税和防止偷漏税的协定>的议定书》。爱沙尼亚的税收体系属于属地税制，主要由国家税和地方税两部分组成。

【国家税】主要包括所得税、社会税、土地税、博彩税、增值税、关税、消费税、重载汽车税等，主管部门为税收和海关委员会。

【地方税】主要包括销售税、船税、广告税、机动车税、家用宠物税、娱乐税、停车费等，由市镇等地方政府管辖。地方政府也可以按照有关法律规定，将地方税的管辖权通过合同形式授予税收和海关委员会管理。爱沙尼亚不征收赠予税、继承税、房产税，各类交易根据国家收费标准征收印花税。