外国公司必须通过在斯洛文尼亚注册的分支机构开展业务。分支机构不具有法人资格，但可以开展母公司业务范围内的所有业务。分支机构代表母公司，母公司对分支机构负责，在商业交易中必须标明母公司的名称和地址。外国公司必须指定代理，该代理不需拥有斯洛文尼亚永居权。

分支机构必须通过公证人员在官方指定的法院注册。向法院提交的申请表必须包含分支机构业务范围、代理情况、母公司注册复印件、董事会决定设立分支机构的决议、公证复印件、上一财年母公司经营报告。

外国公司的分支机构必须按时提交年报。斯洛文尼亚法律区分欧盟公司分支机构和第三国公司分支机构。如果遵照欧盟国家法律，欧盟公司分支机构可以提交母公司年报。根据《公司法》修正案，第三国分支机构只有报告遵照欧盟指令76/660/EEC和83/349/EEC的情况下，才可提交母公司年报。否则，分支机构必须制定并公布符合要求的年报。