企业既可以向税务机关自行申报，也可以委托塞浦路斯当地的会计师事务所进行申报。增值税和个人所得税纳税人，也可选择通过塞浦路斯电子税务局（TaxisNet）办理网上申报和退税。从事欧盟跨境电商的增值税纳税人，自2021年7月1日起，可以通过欧盟统一的网上一站式系统（OSS）办理跨境销售增值税申报和退税。