北京企业办理境外投资备案的流程如下：

向发改部门及委会部门申请项目，报送项目信息，境内投资人签署各项所需法律文件，待发改部门核准或备案，发放核准文件或备案通知书。

向商务部门核准或备案，发放《企业境外投资证书》，企业应在收到证书2年内在境外开展投资。

向外汇管理局备案，银行放外汇，外管局监管。投资金额500万美金以上的，需向外管部门汇报。外管部门审核后，向境内企业发放《境外直接投资外汇登记证》。