1.投资主体可能会被中止或停止实施境外投资并处以警告。对投资主体及有关责任人处以警告，构成犯罪的，依法追究刑事责任。
2.如果有提供融资、担保的，依法依规处罚。金融企业为属于核准、备案管理范围，但为未取得核准文件或备案通知书的项目提供融资、担保的，由国家发展改革委通报该违规行为并商请有关金融监管部门依法依规处罚该金融企业及有关责任人。
3.目前在实际操作中，影响大的是外汇进出受限。如果需要进行对外投资却未按照要求进行备案或核准，投资资金将无法通过银行顺利汇出，无法完成投资工作。另外，如果境外公司的利润分利等，也无法通过银行渠道汇进。
4.如果境外子公司要返程投资回大陆，如果没有办理境外投资备案手续，也无法完成返程投资，海外上市或有架构设计需求的企业和个人尤其要重视；
5.无法享受国内政府相关补贴和奖励，包括境外知识产权纠纷和“两反一保”应诉补贴等
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