日本公司停止使用后，不注销可能会造成以下问题：

1、税务问题：未注销的公司仍需履行税务申报和缴税义务，如果拖延可能导致税务处罚。

2、法律责任：可能仍需承担法律责任，如未尽的债务、合同履行等问题。

3、公司名誉：公司即使停止使用，其名誉仍然存在，对公司形象或信誉造成负面影响。