日本商标注册申请程序主要包括以下几个步骤：

商标查询检索：

在申请前，进行商标查询，以确认拟注册的商标是否有与现有商标冲突的可能性。

提交申请：

准备并提交商标注册申请，包括商标图案、商品或服务分类（尼斯分类）、申请人信息等。

官方受理：

申请提交后，日本特许厅（JPO）会进行受理，并发出受理通知书，其中包含申请日期、申请号等信息。

商标审查：

JPO进行形式审查和实质审查，检查申请文件是否齐全，商标是否符合注册要求，如显著性、不与已有商标冲突等。

如果有问题，审查员可能会发出驳回通知，申请人有机会进行反驳。

公示期：

通过审查后，商标将在官方公报上公示，为期两个月，期间第三方可以提出异议。

核准注册：

若公示期内无异议或异议不成立，商标将被核准注册，颁发商标注册证书。

需要准备的材料：

申请人信息：如果是公司，需要营业执照副本；如果是个人，需要身份证或护照副本。

申请人地址。

确认商标名称或图案、商品或服务分类。

如果商标是图形，需要提供黑白或彩色的清晰图片，视是否指定颜色而定。

注意事项：

商标显著性：申请的商标必须具有显著性，否则可能被驳回。

避免禁用元素：避免使用日本商标法禁止的元素，如国徽、特定符号、国际组织标志等。

代理机构：非日本居民或公司通常需要通过日本当地的代理机构提交申请。

官费上涨：注意日本商标注册费用的变化，及时申请以避免额外费用。

日语读音：考虑到日语读音可能存在的近似性，避免使用可能与已有商标读音相似的名称。

先下证后公告：日本的商标注册流程是先发注册证，再进行公告，若有异议需在公告期内处理。

商标权期限：注册后的商标权期限通常是十年，可以续展。