境外企业进行再投资需要向商务部备案。下面将具体介绍境外企业进行再投资时向商务部备案的流程和要求：

提交备案申请：境外企业应向所在地省级商务主管部门提交再投资备案申请，所需提交的材料包括《境外中资企业再投资备案申请表》、境外企业章程及上年度财务报表、投资环境分析评价等。

审核与受理：省级商务主管部门会对提交的材料进行初步审核，决定是否受理备案申请。如果申请材料齐全且符合要求，将予以受理并出具《境外中资企业再投资备案意向书》。

征求意见：省级商务主管部门会向国家发展改革委征求意见，以确定项目是否符合国家对外投资政策。

备案：国家发展改革委在收到征求意见函后，会决定是否予以备案，并书面回复意见。如果项目符合政策，将由省级商务主管部门负责下发《境外中资企业再投资备案通知书》。

需要注意的是，自领取《企业境外投资证书》之日起两年内，境外企业需向商务部备案，否则自动失效。此外，如果项目内容发生实质性变化，应按规定程序重新备案。