企业境外投资证书和境外投资备案是两个不同的概念，涉及不同的流程和材料。下面将具体解释它们的区别、申请流程及所需材料：

企业境外投资证书：这是由国家外汇管理局颁发的证书，主要针对企业的境外投资项目进行外汇登记。企业需要向所在地的外汇管理部门提交相关材料，包括投资协议、项目批复文件等，以便获得证书，从而能够合法地进行外汇兑换和资金汇出。

境外投资备案：这是由商务主管部门进行的备案程序，旨在对境外投资进行审查和监管。企业需要提交一系列文件，如申请书、营业执照、公司章程、财务审计报告、境外投资及并购事项前期报告表等。备案过程通常包括网上申报和纸质材料的提交。