在蒙古国注册商标的公司需要通过蒙古国知识产权局进行注册，过程包括在线申请、纸质申请两种方式，需要准备商标图样、申请人详细信息、商品/服务分类等文件，可能产生的费用有申请费和续展费。

蒙古国商标注册的管理机构是蒙古国知识产权局（Intellectual Property Office of Mongolia, IPOM），该机构负责管理商标事务，官方语言为蒙古语。商标专用权需要通过注册取得，商标注册不是强制性的，但为了保护商标或进行续展，就必须依法登记注册。

商标申请的主体可以是任何自然人、公司或合伙企业，外国申请人也可以申请，但必须委托在蒙古国的律师或商标代理人代为申请。在申请前，建议进行商标检索，确保所选商标与现有注册商标没有冲突，并确定适当的商品或服务类别。

申请流程分为多个步骤，首先是提交申请，这可以通过IPOM官网的在线系统完成，或者采用纸质途径提交。申请需提供商标图样、商品/服务分类、申请人详细信息、授权委托书等材料。

在审查阶段，首先进行形式审查，确保申请材料齐全，之后进入实质审查阶段，评估商标是否符合注册要求，如显著性和是否与现有商标冲突。通过审查的商标将在商标公告上公布，公告期为4个月，期间任何第三方均可提出异议。

若商标顺利通过公告期，最后将获得注册批准，并颁发商标注册证书。商标有效期为10年，每10年需进行一次续展，否则商标将失效。

在费用方面，个人/初创公司/小型企业的在线申请费用为每个商品/服务类别4500卢比，纸质申请为5000卢比。其他类型的申请人在线申请费用为9000卢比，纸质申请为10000卢比。续展费用方面，在线申请为9000卢比，纸质申请为10000卢比。