马来西亚公司注册商标的流程主要包括以下步骤：

商标查询：

在提交商标注册申请之前，建议先对商标进行查询，以确保所选商标没有与已注册或已申请的商标重复或相似。这有助于避免后续可能遇到的异议或驳回情况。

提交申请：

向马来西亚知识产权局（IPOL）提交商标注册申请。申请可以以纸件形式提交，也可以通过电子方式（如邮件）提交。

申请文件通常包括商标图样、申请人信息、商品或服务类别等。如果委托代理机构办理，还需提供委托书等相关文件。

实质审查：

IPOL会对申请文件进行初步审查，主要检查申请文件是否齐全、是否符合规定形式等。

通过初步审查后，IPOL会对商标进行实质审查，判断商标是否符合相关法律规定，是否具有显著性，是否与在先权利冲突等。

公告：

如果实质审查通过，商标将被公告在IPOL的官方公报上。公告期为两个月，在此期间，任何第三方都可以对公告的商标提出异议。

异议处理：

如果在公告期内有第三方提出异议，申请人需要在规定时间内提交反驳证据。IPOL将根据双方提供的证据和理由作出裁定。

核准注册：

如果公告期内无人提出异议或异议不成立，商标将被核准注册。IPOL将颁发商标注册证，并在官方公报上刊登注册证书。

续展：

商标注册后的有效期为10年，自申请日起算。到期日前6个月内可以办理续展手续，每次续展注册有效期为10年。

需要注意的是，以上流程仅为一般性描述，实际操作中可能会因具体情况而有所不同。此外，商标注册涉及法律问题，建议在申请前咨询专业的商标代理机构或律师，以确保申请的顺利进行。