在马来西亚申请商标注册的流程主要包括以下步骤：

商标查询：

在提交商标注册申请之前，建议先对商标进行查询，以确保所选商标没有与已注册或已申请的商标重复或相似。这有助于避免后续可能遇到的异议或驳回情况。

准备申请文件：

申请所需文件通常包括申请人信息、商标图样、商品和/或服务列表等。

如果要求优先权，则需提供优先权文件的核证副本。

提交申请：

向马来西亚知识产权局（IPOL）提交商标注册申请。申请可以以纸件形式提交，也可以通过电子方式（如邮件）提交。

实质审查：

IPOL会对申请文件进行初步审查，主要检查申请要求和分类信息是否符合规定；实质审查则包括对商标显著性、是否违反禁注禁用条款和是否与在先商标形成冲突的审查。

公告期：

初步审查通过后，商标申请将进行公告。公告期为两个月。在此期间，任何第三方都可以提出异议。

异议处理：

如果在公告期内有第三方提出异议，申请人需在规定时间内提交反驳证据。IPOL将根据双方提供的证据和理由作出裁定。

核准注册：

如果商标申请在公告期内未被提出异议，或者异议不成立，商标将被核准注册。IPOL将颁发商标注册证书，并在官方公报上刊登注册证书。

续展：

马来西亚商标注册后的有效期为10年，自申请日起算。到期日前6个月内可以办理续展，宽展期6个月，此外还有6个月的复活期；续展有效期同样为10年。

需要注意的是，以上流程仅为一般性描述，实际操作中可能会因具体情况而有所不同。此外，商标注册涉及法律问题，建议在申请前咨询专业的商标代理机构或律师，以确保申请的顺利进行。