商业特许经营备案的办理部门主要取决于特许经营活动的范围。以下是具体的办理部门：

在省、自治区、直辖市范围内从事商业特许经营活动：

向特许人所在地省、自治区、直辖市人民政府商务主管部门备案。

跨省、自治区、直辖市范围从事特许经营活动：

向商务部备案。

境外特许人在中国内地从事特许经营活动：

向商务部备案。

总的来说，商业特许经营备案是确保特许经营市场健康有序发展的重要措施之一。企业在申请备案前应充分了解相关条件和要求，并认真准备相关材料以确保备案顺利通过。