特许经营许可证在商务主管部门办理。具体如下：

地方商务主管部门：在省、自治区、直辖市范围内从事特许经营活动的，应当向所在地省、自治区、直辖市人民政府商务主管部门备案。例如，如果是在北京市从事特许经营活动，就需要向北京市商务局进行备案。不同地区的商务主管部门可能有不同的具体要求和流程，建议提前咨询当地商务主管部门以获取最准确的信息。

商务部：如果特许经营的范围跨省、自治区、直辖市，则应当向国务院商务主管部门即商务部备案。不过根据国务院“三定”方案规定，自2009年5月1日起，商务部已经将跨省经营的特许经营备案工作委托各省、自治区、直辖市商务主管部门承担。

需要注意的是，特许经营备案属于法律强制性规定，从事特许经营的企业如果不申请备案，将面临商务主管部门的行 政 处 罚。因此，企业在开展特许经营活动前，务必按照规定进行备案。