特许经营许可证的办理流程是一个涉及多个步骤和环节的过程，具体流程如下：

提交申请材料：申请人需要向商务主管部门提交一系列文件和资料，包括企业法人营业执照原件（副本和年检证明）及复印件或其它主体资格证明文件及复印件。与特许经营相关的商标权、企业标志、专利权、专有技术等经营资源的注册证书原件及复印件。法律法规规定经批准方可开展特许经营的产品和服务，须提交相关主管部门的批准文件的原件及复印件。特许人的名称、联系人（职务、电话、传真）、地址、邮政编码、电子邮件地址等信息。商业特许经营基本情况以及所在省、直辖市辖区内全部被特许人的店铺分布情况。特许人的市场计划书。企业法人营业执照复印件或其他主体资格证明的复印件。与特许经营活动相关的商标权、企业标志、专利权、专有技术等经营资源的注册证书复印件。特许经营合同样本。特许经营操作手册的目录（须注明每一章节的页数和手册的总页数）。法律法规规定经批准方可开展特许经营的产品和服务，须提交相关主管部门的批准文件。经法定代表人签字盖章的特许人承诺。

等待审核：商务主管部门对申请人提交的材料进行审核。如果材料不完备，商务主管部门可以要求申请人在7日内补充提交文件、资料。

获取登录号：审核通过后，商务主管部门发放登录号给申请人。

填报信息：申请人收到登录号后，在中国商业特许经营网登录至企业后台，填报提交相关信息。

公示信息：商务主管部门对特许企业所提交的相关信息进行审核，确认无误后予以公告。