在日本注册公司是一个涉及多个步骤和注意事项的过程。以下是详细的申请流程：

确定公司名称：公司名称需要包含“株式会社”或“合同会社”等字样。确保所选名称不与已注册的公司重名，且符合日本法律要求。

准备注册资料：包括公司章程、股东会决议、董事会决议、出资证明书等文件。这些文件需要在日本法务局指定的公证处进行公证。同时，还需提供法人/股东的印章及带日语翻译的公证书、注册资本证明等。

选择注册地址：公司需要在日本有一个注册地址，可以是实际的办公地点或注册代理机构的地址。外国人需委托在日本有个人账户及住民票的人成为日本代表，用于租借办公室或商铺。

确定公司类型和股东董事：根据业务需要，选择最适合的公司类型，如株式会社或合同会社。株式会社至少需要一名董事和一名股东。

办理资本金的出资验证：确保公司资本金真实可靠。

向法务局申请注册：提交所有文件和申请书给日本法务局进行登记。

获取注册文件：一旦申请被接受并审查通过，公司将获得有效材料，完成注册。