济南企业办理境外投资备案的流程一般如下：

前期准备

明确投资意向与方案：确定投资目标国家、行业、规模及潜在风险，做好市场分析，制定详细的投资计划和方案。同时，委托专业的咨询机构或自行组织专家团队对项目进行可行性研究，确保项目的可行性和盈利性。

准备申请材料：通常包括《境外投资备案表》；企业营业执照副本；对外投资设立企业或并购相关的章程（合同、协议）；相关董事会决议或出资决议；前期工作落实情况说明，如尽职调查、可研报告、投资资金来源情况的说明、投资环境分析评价等；并购类对外投资需提交《境外并购事项前期报告表》；境外投资真实性承诺书等。

在线申报

登录山东省发展改革委网站或相关政务服务平台，填写境外投资备案相关信息并上传准备好的材料。

受理审查

相关部门对提交的材料进行受理和审查。

补充完善

如果材料不齐全或不符合要求，企业需按照要求补充完善。

审核通过

经审核通过后，颁发《企业境外投资证书》。

此外，在办理过程中，企业还需注意以下几点：

材料盖章签字要求：《境外投资（机构）备案（申请）表》（加盖公章）、境外投资（机构）真实性承诺书（需由作出境外投资决定的相关决策人员签字，加盖公章）、《境外并购事项前期报告表》（加盖公章）；如为国企，如需国资委事前批复的要提供国资委批复件。相关董事会决议或内部决议需盖公章。

及时报到并上传回执：审核备案通过的企业请及时到境外当地使馆经商处报到，并及时在商务部业务系统统一平台上传报到回执。

按时填报统计数据：根据实际出资情况，及时在商务部业务系统统一平台填报月报和年报统计数据。

总之，济南企业办理境外投资备案需要遵循一定的流程和要求，建议企业在办理前咨询当地的商务、发改等相关部门，或寻求专业服务机构的帮助，以确保备案顺利进行。