境外投资备案证的办理流程一般如下：

1. 发改委立项

2. 准备材料：企业需填写《境外投资备案表》，并准备企业营业执照复印件、投资主体身份文件（如法人身份证复印件等）、公司董事会决议或相关的出资决议、证明投资主体及合作外方资产、经营和资信情况的文件（如经审计的财务报表等）、投标、购并或合资合作项目的相关意向书或构架协议等文件、项目申请报告以及项目申请报告附件等。

3. 报送项目信息：将准备好的材料报送至发改部门。中央企业直接向国家发改委申报，地方企业向所在地省级发改部门申报。对于涉及敏感国家和地区、敏感行业的境外投资项目实行核准管理，其他情形实行备案管理。

4. 等待审核与批复：发改部门对申报材料进行审核，符合要求的项目予以核准或备案，发放核准文件或备案通知书。

5. 商务部门审批

6. 在线申报：企业登录相关商务部门的业务系统，选择“境外投资备案”事项，点击在线申办，填写申报信息并上传申请材料扫描件。申请材料主要包括《境外投资备案表》或《境外投资申请表》、营业执照复印件、对外投资设立企业或并购相关章程（或合同、协议）、相关董事会决议或出资决议、近一年经审计的财务报表、前期工作落实情况说明（包括尽职调查、可研报告、投资资金来源情况的说明、投资环境分析评价等）、境外投资真实性承诺书等。若属于并购类对外投资，还需在线提交《境外并购事项前期报告表》。

7. 窗口提交：部分地区可能要求企业将纸质材料提交至当地商务部门的政务服务窗口，窗口工作人员会对申请材料进行核对。

8. 受理与审核：商务部门收到申请材料后，先进行受理审查，材料齐全且符合要求的当场或在规定时间内出具受理通知书；材料不齐全或不符合要求的，一次性告知企业补正内容。之后对受理的申请进行实质性审核，重点审查境外投资的真实性、合法性、合规性等，必要时可能会实地核查或要求企业提供进一步的说明材料。

9. 决定与发证：经审核符合规定的，商务部门予以备案，发放《企业境外投资证书》。企业应在收到证书后 2 年内在境外开展投资，逾期未开展投资的，证书自动失效。

10. 外汇管理局备案

11. 银行登记：企业携带已获批的发改委和商务部的文件，前往开户银行办理外汇登记手续。

12. 提交材料：向银行提交相关外汇登记申请材料，包括《境外直接投资外汇登记业务申请表》、外汇资金来源证明材料、资金用途说明等，具体材料要求可咨询开户银行。

13. 审核与备案：银行对企业提交的材料进行审核，审核通过后，在外汇管理系统中为企业进行境外投资外汇登记备案。备案完成后，企业方可根据境外投资项目的实际需要，办理相应的外汇资金汇出、购汇等业务，进行境外投资的资金运作。

此外，部分地区还要求企业在完成境外投资备案后，通过信函、传真、电子邮件等方式及时向驻外使（领）馆（经商处）登记。整个办理流程的耗时因各种因素而异，如申报材料的准备情况、审批部门的工作效率、是否涉及敏感项目等，一般来说可能需要数周甚至数月的时间。