山东烟台企业境外投资备案的办理流程如下：

1. 准备申请材料：

2. 《境外投资备案表》（加盖印章）。

3. 境外投资相关合同或协议（复印件）。

4. 营业执照（复印件）。

5. 对外投资设立企业或并购相关章程（或合同、协议）。

6. 财务报表、真实性承诺书等其他材料（根据业务需要提供）。

7. 向发改委立项申请：

8. 填写《境外投资备案表》，加盖章印后，连同企业营业执照复印件向发改部门申请项目，报送项目信息。

9. 境内投资人签署各项所需法律文件。

10. 待发改部门核准或备案，发放核准文件或备案通知书。

11. 商务部门审批：

12. 商务部门核准或备案，发放《企业境外投资证书》。

13. 企业应在收到证书后2年内在境外开展投资。

14. 外汇管理局申请备案：

15. 银行放外汇，外管局监察。

16. 投资金额500万美金以上的，需向外管部门汇报。

17. 外管部门审核后，向境内企业发放《境外直接投资外汇登记证》。

总的来说，整个流程耗时将近2-3个月。办理成功后会得到两份分别由商务部和发改委颁发的证书，即《企业境外投资证书》和《境外投资项目备案通知书》。