山东济南企业办理境外投资备案申请的流程主要包括前期准备、材料准备、网上申报等步骤。以下是详细的分析：

前期准备

自我评估：企业在进行境外投资前，需进行自我评估，确保符合境外投资备案的条件，并明确投资项目的相关信息。

内部决策：召开股东会或董事会，形成关于境外投资的正式决议。

材料准备

基础材料：包括《境外投资备案表》、企业营业执照复印件、董事会决议或相关出资决议等。

专项材料：如前期工作落实情况说明、境外投资真实性承诺书、尽职调查报告、可研性报告等。

股权架构图：追溯至最终实际控制人的投资主体股权架构图。

财务报表：最新经审计的投资主体财务报表。

协议文件：具有法律约束效力的协议或类似文件。

资金证明：证明投资资金来源真实合规的支持性文件。

网上申报

系统注册：登录国家发展改革委全国境外投资管理和服务网络系统，注册账号后进行项目申报。

材料上传：将准备好的申请材料上传至系统。

区县初审与市级审核

区县初审：企业注册所在的区县发展改革部门对申报材料进行初步审核。

市级审核：济南市发展改革部门对通过区县初审的项目进行进一步审核。

材料补充与修改

反馈处理：根据审核反馈，企业可能需要对申请材料进行补充或修改，并重新提交。

审核通过与证书颁发

审核通过：经审核通过后，济南市发展改革部门将颁发《企业境外投资证书》。

后续监管

活动开展：企业在获得证书后，需按照规定开展境外投资活动。

信息报送：接受相关部门的后续监管和信息报送要求。

总的来说，山东济南企业办理境外投资备案是一个涉及多个环节的综合性过程。企业在办理过程中应严格遵守相关法律法规和政策要求，确保投资行为的合法合规。同时，建议企业聘请有经验的法律顾问和财务顾问协助办理相关手续以降低风险并提高成功率。